- Uma coordenação com sede na Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, SP – Departamento de Ecologia e Biologia Evolutiva.
- Uma vice-coordenação com sede no Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo – Secção de Entomologia.
- Um grupo gestor formado por 5 membros, representando os laboratórios associados dos diferentes Estados envolvidos com a tarefa de gerenciar as tomadas de decisão na aplicação dos recursos financeiros.
- Treze laboratórios associados nos diferentes Estados.
- Equipe composta por pesquisadores líderes, conduzindo operações de pesquisa, ensino e extensão nos laboratórios de sua responsabilidade.
- Grupos de pesquisadores, estudantes, técnicos e voluntários sediados nas instituições vinculadas, para executar os trabalhos de pesquisa, ensino e extensão.
- Unidades ad-hoc atuando como colaboradores voluntários externos.